社会に理解されない者が、地球を支配しようとする者達と手を組む。それを打ち砕いたのは「人を愛する」という心……という構図。本多猪四郎はこれを徹底的にシビアに描いた。本作前後はあまり観られなかった、群集が逃げ惑うモブシーンもかなり多用されている。それに合わせてのことなのか、二体の怪獣による都市破壊シーンの特撮も、威力をまじまじと見せつける描写が多い（フィンガーミサイル大爆発は前作以上に凄い）。伊福部昭の音楽もまたしかりである。

　だがこの中に、ゴジラはほとんど絡まない。最後にゴジラが勝てたのも、人を愛する云々と書いた部分のおかげなのだ。事実、それまでほとんどやられっぱなしだったのだから。さらに映画の中ではこんな描写もある。逃げ遅れた少年が「ゴジラ、助けてくれーっ！」と叫ぶと唐突に登場したりする。ストーリーとは全然関係無く、だ。本作のゴジラは、どこか浮いている。

　しかし浮くのも無理はない。何せ本作の題名は『メカゴジラの逆襲』なのだ。前回ゴジラに野望を打ち砕かれた者と、悲劇を背負った親子の逆襲がメインといってもいい。第一作目でゴジラが背負っていた「悲劇」を、メカゴジラが背負う結果となったのだ。それがタイトル共々映画の中にも、如実に現れたのが本作なのである。そうなったゴジラ映画を本多監督がメガホンを取ったというのも、何かのめぐり合わせなのだろうか。

　では本作のゴジラのポジションは何を背負っているのか？今メカゴジラと戦っているのは、悲劇を背負っていた第一作目のゴジラとは別の“二匹目のゴジラ”である（第一作目のゴジラは死んでいる）。初登場時からアンギラスと戦い、キングコング、モスラ、キングギドラという強敵と、「闘争本能」の赴くままに激闘を繰り広げてきたゴジラなのだ。その激闘の歴史の中でいつしか「怪獣王」の称号を得たゴジラは、怪獣ランドや怪獣島で安穏とすることなく、次々現われる敵と戦うこととなった。例えそれがどのような悲劇のヒールを持っている輩であろうと、ゴジラにとってそれは「敵」であることに変わりはない。その「敵」が、いつの間にやら人類にとっての「敵」と同じものになってしまい、子供達の声援に会わせて登場するということで、ゴジラは「正義」を背負うこととなったのである。

　これが彼にとって良いことなのか悪いことなのかは分からないが、人類に敵意を見せなくなったということは、もはやゴジラは人類を「敵」と見なしていないことになる。しかしそれがすなわち「人類の味方」という意味かというと、それは違う。ゴジラにとって人類とは、戦うに値しない相手になってしまったのだ。ゴジラが闘争本能を剥き出しにして牙を向けられる「敵」の中に、もう人類は含まれていなかったのである。あるいは、戦っても無駄だ、と思っていたのかもしれない。『ゴジラ対ヘドラ』のラストで、人類に怒りを見せつつも何もしないで去っていく彼の姿は、その意思表示ともいえるのではないか。

　その二代目ゴジラが、２０年に渡って繰り広げてきた激闘の歴史の最後を飾ったのは、皮肉にも自らの生き写し。しかもその相手は初代ゴジラが背負っていた「悲劇」をも持っていた。最後に辿り付いた敵が自分という奇妙な巡り合わせ。無論そんなことなど二代目のゴジラが知る由も無いだろうが、どういう訳か本作の９年後に登場した三代目ゴジラもまた、ゴジラの生き写しと戦うという結末を迎える予定（平成シリーズは『ゴジラvsメカゴジラ』で一旦終了することになっていたが結局それから二年続いた）だったのだから不思議なものだ。

　どういう立場であろうが、登場したらただ暴れるだけでなく戦うことを宿命付けられる怪獣・ゴジラ。その戦いの末に辿り付く相手が「自分の生き写し」とは皮肉なものである。だとすると『ゴジラ２０００ミレニアム』で復活した四代目ゴジラが、最後に戦う相手は誰になるのだろうか？