第二次世界大戦中、連合軍はドイツが誇る潜水艦「Ｕボート」に苦しめられていた。そんな中、訓練ばかりしていて実戦が経験不足の米国潜水艦ソードフィッシュは、Ｕボートに襲撃された貨物船の捜索のために任務に就く。トラバース伍長（ウイリアム・Ｈ・メイシー）は、副艦長が伝染病に冒されているのに気づくが、ソードフッシュはＵボートと遭遇、戦闘状態になり、相討ちになり、ソードフィッシュは爆発してしまう。伍長ら生き残った乗組員は、別のＵボートに捕虜として救助される。しかしその中に伝染病に感染しているものがいることを、誰も知らなかった･･･。