アルカディの攻防のあと、アリス（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は又もアンブレラ社に囚われるのであったが、そこでは世界各都市の精巧な再現モデル内で多くのクローンを使い捨て、アンデッド侵食のシュミレーションが行われたいた。誰かのハッキングのお陰で、囚われの身から開放されたアリスは、自身のクローンの娘という設定の少女（アリアーナ・エンジニア）を救出、脱出を図るのだが、そこに昔の仲間のレイン（ミシェル・ロドリゲス）が生き返り立ちはだかった…。「最終章へ向けて過去の事実を全て覆す驚愕の真実が明らかに！敵が助け味方が裏切る？怒涛の新展開！」…この惹句のとおりだが、要するにムチャクチャなわけである。