警視庁に怪盗キッドからの予告状が届いた。狙いは鈴木財閥の蔵から発見されたロマノフ王朝の秘宝、インペリアル・イースターエッグ。警察に協力することになった毛利探偵事務所の小五郎は、蘭、コナンとともに大阪へ。その夜、予告通りにエッグを盗み出し空を飛んで逃げたキッドだったが、何者かに狙撃されてしまう。エッグを取り戻し、鈴木財閥の豪華客船で東京に戻ることになったコナンたち。船上には様々な経歴を持つ人々が乗り込んでいた。そしてついに殺人事件が起こる…。劇場版第三弾。（カラー/100分）