植物学者のリリー・ホートン（エミリー・ブラント）は、どんな病気も癒し、呪いを解くという「月の涙」と呼ばれる幻の花を求めて、弟のマクレガーと共にアマゾンにやってきた。偶然知り合った、観光用のオンボロ船「ラ・キーラ号」の船長フランク（ドウェイン・ジョンソン）の案内で、アマゾンの奥地へ旅立った。ところが、同じ花を狙うドイツ帝国の王子が、彼女が持つ、花を探すカギとなる「矢じり」を奪おうと襲ってきた。なんとか逃れたものの、クルーズは困難の連続。はたしてリリーたちは無事に幻の花を手に入れることができるのだろうか･･･。