ここは厚い煙に覆われた「えんとつ町」。少年ルビッチ（声・芦田愛菜）は煙突そうじの仕事をしている。父のブルーノはかつて、えんとつ町で「煙の向こうには輝く星がある」と紙芝居で皆に訴えたが、それに足を止める者はおらず、そしてある日父は消えてしまう。その後ルビッチは独りで「星」の存在を訴えたが、町の皆からは嘘つき呼ばわりされて、ひとりぼっち。ところがハロウィンの日、どこからともなく現れた、ゴミから生まれたゴミ人間（声・窪田正孝）と出会う。皆から嫌われる者同士の二人は「友達」になる。そしてゴミ人間に、父の紙芝居の主人公の「プペル」という名前を付ける･･･。