前作で死んだと思われていた“メカニック”と呼ばれる凄腕の殺し屋ビショップ（ジェイソン・ステイサム）は、平穏な日々を送っていたが、突然彼の前に刺客が現われる。敵から逃れ、タイに身を隠すが、彼の前に訳ありで近づいてきた女ジーナ（ジェシカ・アルバ ）とかかわるうちに、深い仲となる。しかし突然ジーナが何者かにさらわれる。それはかつてビショップと共に暗殺者として育てられたクレインという男の仕業だった。ビショップはジーナの命を救うために、クレインからの超危険で困難な「３つのミッション」に挑むことに･･･。