第二次世界大戦末期。敗色濃厚のナチスは、超人ラスプーチンらの協力で、地獄の入り口を開け、「邪悪な七つの龍神」を呼び起こそうとするが、ブルーム博士（ジョン・ハート）ら連合国軍の奇襲の為に失敗し、ラスプーチンは時空の彼方へ消えてしまった。しかしその時、一つの小さな命が生まれ出た。それは「ヘルボーイ」と名づけられ、博士の手によって育てられることになった･･･。時は流れて、現在。ＢＰＲＤ（超常現象調査防衛局）と呼ばれる秘密組織で、ヘルボーイは秘密兵器として、その怪力と体躯を生かして活躍していたが、今再び、復活したラスプーチンらの暗躍により、世界に危機が訪れようとしていた･･･。