シャロン・ゴールバン博士（オリビア・ウィリアムズ）はイスラエルのエルサレムの金物屋の裏庭で、古代の墓の遺跡を発掘していた。ある日、隠し部屋に磔（はりつけ）の痕跡が残る男性の遺骨を発見する。調べていくうちに、これは「イエス・キリストの亡骸」ではないかという推理をする。しかしそれは「キリストは復活した」という教えを否定するものであり、やがてバチカン・イスラエル・パレスチナを巻き込んだ大騒動になった。解決の為、バチカンは元秘密情報部員の神父マット（アントニオ・バンデラス）を派遣した。