古本屋で不思議な本を見付けたいじめられっ子の少年バスティアン。蛇の紋章の突いたその作品をむさぼるように読み進む。本の中ではアトレイユという少年が世界の危機を救うため、単身悪と戦う姿が描かれていた。アトレイユの冒険をドキドキしながら読み進む内に、不思議な事に気付く。何と本の中には、今本を読んでいる自分自身が登場しているのだ。驚きを覚えつつも、読むことを止められない。そして、何故自分がこの本を手に取ったのか、そして自分が世界に対しいかに重要な役割を担っているのかを、知ることになる。