大菩薩峠の山頂で老巡礼（藤原釜足）を斬った机竜之助（仲代達矢）は帰宅して奉納試合で立ち合う予定の宇津木文之丞（中谷一郎）の妻お浜（新珠三千代）の訪問を受ける。自分の夫に勝ちを譲ってくれと言うのだ。しかし、竜之助はお浜を強姦し、試合では文之丞を撲殺したのである。２年後、お浜を連れて江戸へ出奔した竜之助は島田虎之助（三船敏郎）の道場で宇津木兵馬（加山雄三）を見掛け他流試合を申し込む。兵馬こそ文之丞の弟であった。その頃、江戸では新撰組が誕生し時代は風雲の兆しを迎えつつあった…。『大菩薩峠』４回目の映画化だが第１部だけしか作られなかった岡本喜八の監督第２０作。