人間のサイボーグ化が現実となった、ある未来世界でのお話。極限まで機械化された女性「少佐」（スカーレット・ヨハンソン）は、テロ対策組織「公安９課」の精鋭として一生懸命に働く日々を送っていた。そんなある日、一企業による大量殺人及び脳内情報の盗難の事件に関わった少佐は自分自身の記憶やルーツについて、疑問を持たざるを得ない状況に追い詰められてゆく・・・かつて、押井守によるアニメーション化で話題となった『攻殻機動隊』の実写映画化作品。