１５年前のデトロイト。ワールド・スポーツ・ゲームス（以降ＷＳＧ）のボストン会場建設のさ中、一人の男が射殺される。１５年後の日本、ＷＳＧ東京が開催される芝浜と名古屋を結ぶ「真空超電導リニア」の壮行会に参加していたコナン・声高山みなみ 一行（蘭・声山崎和佳奈、少年探偵団、鈴木園子・声松井菜桜子。その席で園子の父鈴木史郎・声松岡文雄が拉致されるも元太・声高木渉の鼻の活躍によって見つかる。捜査に来た目暮警部・声茶風林から同じスポンサーである三塚製菓の社長も同様の目にあっていたことが知らされる。「真空超電導リニア」に乗り込んだコナンたちの活躍が始まる。