が、突然佐織は姿を消し、3年後静岡の家屋全焼事件で、死体で見つかる。死因は脳挫傷。家主は高齢の蓮沼芳恵さんで、こちらは永い間放置された死体だった。が警察が注目したのは、その息子が蓮沼寛一(村上淳)だったからだ。というのは、蓮沼は、佐織失踪当時菊野市にいて、その食堂で酔っ払って佐織に絡んだことがあったからだ。更に彼は15年前の少女殺害事件で容疑者になりながら、完黙(完全黙秘)を続け、証拠不十分で無罪になった男だった。

その時の刑事が草薙俊平(北村一輝)で、今回の担当刑事は内海薫(柴咲コウ)。2人はいつもの通りタッグを組む。そしてまた今回も蓮沼は緘黙を続け、処分保留で釈放された。

薫はいつも知恵を貸してもらう天才物理学者湯川学教授(今回教授に昇進している！草薙の親友でもある：福山雅治)に話を持ち掛ける。

一方蓮沼は何故か、菊野市に戻っていた。廃品回収会社の倉庫管理人をやっていたが、菊野市のお祭りパレードの日、その死体が、密室になった管理人室で発見される。発見者は同僚の増村(酒向芳さこうよし)だった。

薫と草薙と湯川は3人で現場に行く。湯川はさんざん部屋を調べた後、「ヘリウムか？」と呟く。そして突然外へ出て、大声で笑い始めたワッハハハハ、ワッハハハハ。「先生、何か分かりましたか？」振り向いて湯川、「全く分からない！」そして続けて、「実に面白い。」と言った。

動機は復讐か？関係者全員が容疑者でアリバイがあり、全員が黙秘してしまう、130分。

東野圭吾(ひがしのけいご)の推理小説、‘ガリレオシリーズ’のTV連続ドラマ化に続く映画化第3弾。