黒ずくめの組織は、世界にちらばる内部スパイ（ノック）であるスタウトらを粛清し、次に日本にいるバーボン・声古谷徹安室透とキール・声三石琴乃水無玲奈にその手を伸ばしていた。別命で警視庁に侵入していたキュラソー・声天海祐希は公安とＦＢＩに追われ車ごと海に転落し記憶を失う。東都水族館のリニューアルオープンに来ていたコナン・声高山みなみと少年探偵団の一行はそこでキュラソーと行動を共にすることになる。一行は世界初の二輪式観覧車に乗り込むのだが、そこでコナンたちは黒ずくめの組織を相手に大攻防戦を繰り広げることになるのだが…