古代エジプト。セティ王に、息子のラムセス（ジョエル・エドガートン）と兄弟同然に育てられたモーゼ（クリスチャン・ベール）は、王から深く信頼され、国民からも支持されていた。彼は大勢のヘブライ人が奴隷として過酷な労働を強いられていることに心を痛めていたが、父王の死後、即位したラムセスは、モーゼが実はヘブライ人であると知らされ、苦悩するも、モーゼを国外へ追放する。なんとか生き延びた彼は、紅海を渡った先の遠い国で、美しい娘ツィポラ（マリア・バルベルデ）と出会い、結婚する。そして９年の歳月が流れたころに、彼の前に少年の姿をした「神の使い」が現れるのだった。