基本的にTVアニメ「装甲騎兵ボトムズ」の前日譚であり、主人公キリコ・キュービー曹長が謎の秘密結社に追われる大戦終結前のエピソードとされている。「百年戦争」とは、アストラギウス銀河を二分する勢力、ギルガメス連合とバララント同盟の戦闘であり、今となってはその原因すら知る者はいない。この戦乱の中で「不死の軍団」を夢見た軍人ヨラン・ペールゼンは、最強の部隊「レッド・ショルダー」を育て上げるが、注目していたキリコの不死の肉体と何者にも屈しない反逆精神を知り、殺害を企てるも果たせなかった…というのが番組終了後発表されたオリジナルヴィデオで語られた経緯である。キリコの青年となるまでの経過は謎に包まれているが、ペールゼンのみは胎児であった彼が真空中で生きていた事実を知っている。

この映画の時代まで戦争しか知らなかったキリコは、終戦直前に味方の基地を襲う作戦に参加させられるが、そこでカプセルに保護されていたスキンヘッドの美女の裸身を見て驚愕する。その経験がのちの彼の運命を決定づけていくのだが、それはのちの話となる。