富士山麓で頻発する数々の異変、それに続き謎の怪物が街を襲う。自衛隊の奮闘で怪物は阻止されたが、これらは全て超科学を誇る遊星人ミステリアンの仕業であった。彼等は平和的共存を語りこそしていたがその行為は侵略に等しく、既に自らの種を増やすべく幾多の女性を誘拐していたのである。科学力を持ってして脅しをかけるミステリアンに対し、国連は全地球の科学を結集させた「地球防衛軍」をもってして殲滅することを決定する。ついに激しい超科学戦の火蓋が切られた！東宝初のワイドスコープによる特撮映画で、海外でも評判となった。