人類は未来人が建造したメカキングギドラの科学力を解析し、対ゴジラ兵器「メカゴジラ」を完成させる。その一方北の孤島アドノアでは巨大翼竜ラドンと卵の存在が確認されるが、やがて卵から孵化したのはゴジラと共通の要素を持つ恐竜ベビーゴジラであった。その存在を察知したかのようにベビーのいるところへと向かうゴジラの前に、ついにメカゴジラが出撃する。ついに人類とゴジラとの決戦が始まった！ゴジラ誕生４０周年・２０作目を記念した一本。