火山噴火により３０年もの間眠り続けていたゴジラが復活を遂げた。核をエネルギー源とするゴジラはソ連原潜を沈没させ、さらに原子力発電所を急襲する。日本政府は首都防衛移動要塞として極秘裏に開発した超兵器・スーパーＸの出撃を決定するが、生物学教授・林田（夏木陽介）は怪獣の生物的本能を利用した誘導作戦でゴジラを葬ることを提案する。その一方で、米ソ両国はゴジラに対する核兵器の使用を日本政府に迫っていた。そんな中ついにゴジラは東京に上陸するが、誤ってソ連の軍事衛星から核ミサイルが発射されてしまう……！ファンの熱い声援を受け、９年ぶりにゴジラが復活した一本。