地下の奥深くにある現実世界最後の人間都市、ザイオンを滅ぼすべく無数のセンティネルズが攻撃態勢を整え始めた。残された時間は72時間。ネオ、モーフィアス、トリニティーの三人は預言者の言葉を信じ、ザイオンを救うために再びマトリックスへと侵入した。ザイオンを救い、戦いに終止符を打つにはマトリックスを支配する中枢コンピューターに行かなければならない。そのためにはマトリックスのどこかに閉じこめられたキーメーカーを見つける必要があった。だが、ネオに破壊されたことから髪の毛が後退し、更に自由の身となって増殖したスミス、謎のプログラムのツインズたちが待ち受けるマトリックスでの戦いは更に過酷なものとなるのだった・・・。［シネスコサイズ・138分］