通商連合のナブー侵略が解決して１０年が経過、パドメ・アミダラは女王を退き元老議員となっていた。今や何千もの星系が銀河共和国からの分離を図ろうとしている中、共和国元老院は平和維持の為に強大な軍隊を創設しようとする案件が上がっている。パドメはこれに反対票を投じるためにコルサントに戻るが、暗殺者に命を狙われる。オビ＝ワン・ケノービと２０歳の若者に成長したアナキン・スカイウォーカーは彼女の警備に任命され、その暗殺者と黒幕を調べる事になるが・・・。シリーズ５作目は、久しぶりに再会したアナキンとパドメの禁じられた愛が育つ事によって、次第にこの壮大なるサーガの全貌が明らかになり、クラシカル・トリロジーに結びついていく。