ノースカロライナの山間の奥深い場所でネル＝ジョディ・フォスターは年老いた母と暮らしていた。ある日、地元の医者ジェリー＝リーアム・ニーソンが母親がすでに絶命し、ネルが母親と暮らしていた山小屋でひとり閉じこっていたのを発見する。ネルは文明社会から隔絶された自然の中で暮らしてきため、彼女から発せられる言葉も彼女独特の言葉であり、人間との接触は年老いた母親だけであった。ジェリーは彼女を保護しようとするのだが、彼女を研究対象とする精神科医ポーラ＝ナターシャ・リチャードソンや、物珍しさからネルを追いまわすマスコミに反発する・・・。