かつて東京をゴジラに襲撃され、その後東海村原発を襲撃された日本は原子力の永久放棄を決定するが、代替として開発されたプラズマエネルギーをもゴジラは狙っていた。政府は対策として「Ｇグラスパー」を設立させ、プラズマを応用した新兵器「ディメンション・タイド」でゴジラの消滅を図る。だがその実験中に時空の歪みが生じそこから古代生物メガヌロンが出現、羽化したメガヌロンは超翔獣メガギラスに成長してしまう。古代怪獣、Ｇグラスパー、そしてゴジラの三つ巴の決戦が今日本で始まろうとしていた！