海底深くの裂け目から次々現れる異次元大怪獣に対抗するために人類はイェーガー（ハンターの意のドイツ語）と呼ばれる2人で操縦する巨大ロボットを開発。しかし怪獣もこちらの手の内を学びながら強くなる一方だった。劣勢の中、パートナーである兄を怪獣とのバトルで失いパイロットを引退していたベケット（チャーリー・ハナム）は最終決戦のために呼び戻される。彼と新たに組むのは家族の復讐に燃える新米パイロットのモリ・マコ（菊地凛子）。彼らは果たして人類を救うことができるのか？！