クリンゴン帝国のパトロール艦隊が、謎の雲状生命体「ボイジャー」に襲われ消滅した。それが地球に向かっていることを察知した地球艦隊本部は、最強の宇宙艦エンタープライズに出撃命令を下す。その艦長であったデッカー（スティーブン・コリンズ）に代わり返り咲いたカーク提督（ウィリアム・シャトナー）、デルタ星人のアイリーア（パーシス・カンバッタ）らを乗せてエンタープライズは飛ぶ。そして、バルカン星で感情を捨てる「コリナール」の儀式を受けていた僚友スポック（レナード・ニモイ）も、宇宙の彼方から押し寄せる異常な思念を感じ取り合流する。果たして「ボイジャー」とは？彼らの求める「クリエイター」とは何者なのか？〔132分/カラー/スコープ〕