ドクター・ドリトル（ロバート・ダウニーＪｒ．）はイギリスに暮らす名獣医。彼は動物の言葉が判るという能力を持っていた。しかし愛する冒険家の妻が、旅の途中で事故死してしまい、それ以来ドリトルは心を閉ざし、扉を閉めていた。ある日、英国女王が重病に伏せており、助けてほしいと依頼される。渋々出向いた宮殿で、彼は女王が毒を盛られていたことを知る。そこで、仲間の動物たち、それと彼のもとに押し掛けてきた少年スタビンズ（ハリー・コレット）とともに、遠い遠い島にある、どんな難病も治す不思議な果実を求めて旅立つが、その行く手を妨害する者に襲撃される･･･。