１６世紀の英国。メアリー・スチュワートは、０歳でスコットランド女王になるも、フランスに渡り１６歳で王妃となる。しかし１８歳で未亡人となり、スコットランドへ帰国する。メアリー（シアーシャ・ローナン）はイングランドの王位継承権も持つが、すでにイングランドではエリザベス１世（マーゴット・ロビー）がすでに即位をしていた。従姉妹同士のふたりの女王は、二つの国、カトリックとプロテスタントの二つの宗教の対立、そして周囲の側近たちの陰謀に巻き込まれてゆくが･･･。