２０１５年、１４歳の少年・碇シンジは離れて暮らしていた父に呼ばれ、第３新東京市にやってきたが、その時に「使徒」と呼ばれる謎の敵が襲来する。近代兵器がまるで通じないその敵に対抗する人類に残された唯一の手段は、汎用人型決戦兵器人造人間「ヱヴァンゲリヲン」だけ。エヴァに乗ることが出来る、選ばれた人間であると言うシンジに、国連直属の特務機関「ネルフ」の総司令官である父・碇ゲンドウはエヴァに乗って、使徒と戦うように命令する。激しく拒絶するシンジだが、代わりに乗務することになった謎の少女・綾波レイの大怪我を負いながらも任務に就こうとする姿を見て、「逃げちゃだめだ…」とエヴァに乗る決意をするが…