人類学者ケイル(エリック＝ストルツ)と彼女の恋人で映画監督テリー(ジェニファー＝ロペス)は撮影隊を組んで、アマゾンの奥地を訪れた。途中蛇の密猟者サローン(ジョン＝ヴォイド)と出会い、密林に詳しい彼を連れて行くことになる。だが、徐々に撮影隊を自分のものとして仕切り始めた。彼の目的は実は密林の奥地に住むという伝説のアナコンダの捕獲だったのだ。そしてついに現れる巨大アナコンダ。高い知性を持つそいつは、撮影隊メンバーに襲いかかってきた。