未来からスカイネットは自身の危機を回避するため １９９４年にターミネーターT-1000（パトリック）を送り込んだ。 目的はスカイネットに対抗する人間軍の総指揮官ジョン・コナーを少年時代に抹殺すること。 しかし、またそれを阻止するためジョン･コナー自身もターミネーターT-800（シュワルツェネッガー）を過去に送り込む。 １９９４年、２体のターミネーターは少年期のジョン・コナーに接触する。 T-800とジョン・コナーはT-1000から逃げ切り、 かつて未来から来たターミネーターと対決したジョン・コナーの母親サラ・コナー（ハミルトン）とも合流する。 ３人は未来の人類の存亡をかけ、T-1000に挑む。