カリフォルニア州ミラマー海軍航空隊基地。エリート集団「トップガン」に仲間入りしたF14トムキャットのパイロットのマーヴェリック（トム・クルーズ）と相棒のレーダー索敵員グース（アンソニー・エドワーズ）。そこにはライバルのアイスマン（ヴァル・キルマー）とスライダー（リック・ロッソヴィッチ）のコンビもいた。マーヴェリックはブロンド美人の教官チャーリー（ケリー・マクギリス）と出逢い恋に落ちる・・・。