巨大産業文明が”火の七日間”と呼ばれる戦争で崩壊してから１０００年後。地上は腐海と呼ばれる有毒な瘴気を発する菌類の森に覆われつつあり、人類は追い詰められていた。風の谷の族長の娘であるナウシカは、風の谷に侵攻した強大な軍事国家・トルメキア軍に父を殺される。人質となって移送される途中、敵の奇襲を受けたナウシカは、トルメキアの皇女・クシャナとともに腐海に落下する。そこでナウシカは、腐海こそが大気を浄化し、地球の生態系を維持している源だということを知るのだった。